Kuat Puji Prayitno telah menyelesaikan studi di Program Doktor Ilmu Hukum Pasca Sarjana Universitas Diponegoro. Disertasi yang ditulis berjudul : REKONSTRUKSI PEMIKIRAN HUKUM PIDANA YANG INTEGRAL (Studi Tentang Penegakan Hukum Pidana In Concreto Oleh Hakim Dalam Konteks Sistem Hukum Nasional)”. Disetasi ditulis di bawah bimbingan Prof. Dr. H. Barda Nawawi Arief, SH., Prof. Dr. Hj. Esmi Warassih Pujirahayu,SH.,MS. Disertasi telah berhasil dipertahankan dalam Ujian Promosi Doktor Ilmu Hukum pada Rapat Senat Terbuka Terbatas Universitas Diponegoro pada hari 29 Desember 2011.
Tim Penguji Promosi Doktor Ilmu Hukum disertasi tersebut adalah sebagai berikut : Ketua : Prof. Sudharto Prawata Hadi, M.Si, PhD. (Rektor Universitas Diponegoro) ; Sekretaris : Prof. Dr. Ir. Sunarso, MS. (Sekretaris Senat Universitas Diponegoro) ; Anggota : 1. Prof. Dr. dr. Anies, M. Kes, PKK. (Direktur Pascasarjana Universitas Diponegoro) 2. Prof. Dr. Barda Nawawi Arief, SH. 3. Prof. Dr. Hj. Esmi Warassih Pujirahayu,SH.,MS. 4. Prof. Dr. Arief Amrullah, SH., M.Hum. 5. Prof. Dr. Nyoman Serikat Putra Jaya, SH., MH. 6. Prof. Dr. Yos Johan Utama, SH., MH. 7. Prof. Dr. Suteki, SH., M.Hum. 8. Dr. RB. Sularto, SH.MH.
Predikat kelulusan : lulus dengan sangat memuaskan dengan IPK = 3.73.